Обратите внимание на эти значения в sale.export.1c
$arFilter[«!EXTERNAL_ORDER»] = «Y»;
Если эту строку закомментировать- то мы сможем заказы, оплаченные на сайте и созданные там- нормально забирать в 1с. Но надо будет доработать xml отдачи. т.к там в id заказа, стоят значения не 1cки а внуттренний номер битрикса.